根据《进口贸易管理令》和《进出口贸易法》，日本进口贸易管理原则上自由，但针对某些商品、进口对象国或地区、贸易方式、结算方式等有特别限定，进口商进行上述进口时须获得通产大臣的进口审批许可（Import License）。

    １、《进管令》对进口审批的规定

    《进管令》中规定了须审批的进口商品和结算方式。进口限制商品名录中列出了实行配额（IQ）管理的进口商品，包括７３种非自由化商品和一批《华盛顿条约》规定的动植物等。还有对进日商品原产地或装运地的审批规定。

    （１）进口审批和事前确认

    进口商从外国进口下列商品须获得通产大臣（或授权外汇银行）或指定主管部门的大臣、长官的事前确认。

    a、实行进口配额的商品；

    b、来自指定原产地或启运地的指定商品；c、以特殊结算方式进口的商品；d、按规定须事前确认的商品，主要有蚕茧、丝织品等１５种。

    某些商品经通产大臣或主管部门大臣事前确认后便不需进口审批。确认后，大臣发给事前确认书。进口通关时进口商向海关提交该确认书。若分批进口，海关每次将在确认书上进行背书并退给进口商，进口结束时确认书须上交海关。此外，还有某些商品，如具有法令规定的必要文件（原产地证书等）并在通关时经海关确认，也不需进口审批。

    上述b、c的进口由通产省负责审批，对于其中的无外汇进口，通产大臣授权海关关长审批但如果采用特殊结算方式则仍由通产大臣审批。ｄ由各主管部门大臣事前确认。ａ由外汇银行代通产大臣行使审批权力。

    （２）不需进口审批的商品即”进口自由品”“进口自由品”是指不需进口审批和提交进口报告书，通关时不必提交发票的货物。包括无偿救济品、无偿样品、指定宣传品、不用于销售的货物、外交官用品、入境随身携带品、职业用品、搬家行李、临时卸货物品等。

    ２、《进出口贸易法》对进口审批的规定日本《进出口法》规定，来自一定地区的丝织品须进口审批。目前，只有从中国进口的丝织品（个别品种除外）须进行此项审批。

    如进口货款以特殊方式支付，在进行进口审批之外，还须就支付方式进行审批（总价５００万日元以下的除外）。

    二、进口通关手续

    １、普通船与集装箱船通用的进口通关手续（１）货物进入保税区( Transportation into bonded area)卸货后，原则上须首先运往港口保税区或海关关长指定的其它地点。办理完通关手续、缴纳进口关税、获得进口许可后方可提龋货物运入各类保税区时。须向海关提交运入审批申请书。但若获准在货船舱内验货或驳船上验货时,进口申报不必在保税区内办理。

    集装箱货物的大宗货物（整箱货）必须全部存放于集装箱货场（Container Yard），小宗货物（拼箱货）全部存放于集装箱集散站（Container Freight Station）。普通货轮货物的存放地点可由进口商自行决定。一般多临时放置在保税货棚(Bonded Shed)，须长期存放时则可利用保税仓库。

    如果进口货物不适合或不能进入保税区，海关也允许存放在其它指定地点，但适用关于保税区的各项规定。

    （２）进口申报

    货物运人保税区或其它指定地点后进口商向海关关长提交下列文件，进行关税缴纳申报。

    ａ、《进口纳税申报单》３份。

    b、附件：商业发票２份（无外汇进口交１份）；包装明细书、重量证明书；运费明细书、保险费明细书（进口价格非ＣＩＦ时）；原产地证明书、商检证明等；关税缴纳书４张１套、消费税缴纳书１套；进口审批证（须审批的商品）或事前确认书（须事前确认的商品）；其它有关法令规定的许可证、审批书等；有关的免税文件。

    若在进口申报时进口商没有得到装船单据和出口商受名的商业发票，进口商须制作预开发票（Proforma Invoice）并签名，得到银行认可后提交给海关，凭此获得进口许可并提货。进口商获得出口商发来的商业发票之后，经海关要求须补交。

    （3）进口检查

    检查方法按范围有抽样检查、部分指定检查、全部检查３种，按地点分为现场检查、驳船上检查、货船上检查、检查场检查。进口动植物及其制品、食品等，须经过检疫和防疫部门的检查。

    （４）进口许可

    ａ、海关对进口申报单进行审核，必要时检查货物。审核申报无误后，海关将４份关税缴纳书中的３份退回进口商，进口商到日本银行或其代理机构（设在海关内）缴纳进口税。完税后，进口商凭收据到海关领取进口许可书和进口审批证。

    ｂ、进口商获得进口许可书后，将货物从保税区提出运至自己的仓库。此时，进口商将海关退回的进口审批证附上进口配额证明书交给外汇银行，外汇银行将上述文件交日本银行进行事后审查。按规定，进口许可书须由进口商保存３年。

    ２、集装箱船货物的通关

    （１）日本港口集装箱货场管理员（Container Yard Operator）在货轮人港前作为船公司的代理人向动物检疫所或植物防疫所提交《进口动物类货物一览表》或《植物类货物一览表》。货轮入港后须马上向海关提交货物清单（Cargo manifest）、卸货申请、集装箱清单（Container List）等。

    （２）通关场所

    集装箱货物的进口通关地点可以是集装箱货尝码头保税难货场甚至内陆仓库。

    ａ、集装箱货场通关

    进口商在集装箱卸货场办完通关手续，获得进口许可并提走货物。海关将进口商提交的文件和进口商品进行对照检查，确认与申报和纳税相符后，在所收纳税申报单上盖章并退还进口商。进口商凭此到日本银行的代理机构等指定地点缴纳关税，凭税金收据到海关取得进口许可，提走货物。

    ｂ、码头保税堆货场通关

    集装箱自船上卸至集装箱货场后，运入进口商的专用保税堆货场，然后按通常方式办理进口通关手续，但费用较高、手续较复杂。

    Ｃ、内陆仓库通关

    进口货物卸下后直接运往保税仓库，办理通关手续。这是一种特殊通关方式，一般并不采用。由于货物在日本内地运输途中尚未完成进口申报。属于保税运输，因此采用此方式通关的进口商须事先向海关提交《外国货物运送申报书》。

    三、出口通关

    １、出口货物运人保税区或其它保存场所对海关进行出口申报之前，出口货物须先运人保税区（Bonded Area)，专门机构对货物的品质、数量等进行验收，然后方可进行出口申报。日本的保税场所主要有指定保税区、保税货尝保税工厂、保税展览场地、综合保税区。

    进出口货物运入或运出保税区均须事先书面报告海关，并有海关官员在场监督运输。

    进出口货物在办理通关手续时原则上应放置于各种保税区中。但在某些情况下，货物的性质、状态和保税区的状况无法保证货物方便和适当地进入保税区，此时海关关长可允许某些货物在一定时期内存放在保税区以外的适当场所。

    ２、出口申报

    出口申报由出口商或其代理人进行但在通常的出口通关中，都由具有通关资格的海运公司代出口商办理全部通关事务。

    集装箱运输货物（已通过集装箱运输的审批）出口申报时需附上由确认装箱的机构（原则上为海关关长认可的公认鉴定机构）出具的证明书，注明品名、数量、编号、进出口商号、船名、喷头等通关审查必须事项。一般集装箱货物原则上不得与其它货物混装，但同一出口商的货物则可混装。

    3、出口许可

    出口申报经所需文件确认无误后，出口即得到海关许可。在出口商填写的３份《出口申报书》中，１份由海关存底，１份交大藏省关税局供海关统计用，另１份作为出口许可书（Export permit），与出口审批文件和出口报告书一同退出口商或其代理人。出口商提取货款时，需向外汇银行提交上述文件，外汇银行确认无误后送交日本银行。出口商所交商业发票中海关留存1份，另１份与出口报告书一起送交通产省用于出口统计。

    四、关税计征

    1、关税税率

    日本的关税税率分为三类：固定税率、协定税率和优惠税率。

    固定税率依据《关税法》和《关税临时措施法》制定。协定税率根据双边或多边协议制订。优惠税率适用于日木自行指定的优惠商品、优惠国家和地区。

    ２、关税征收方式

    （1）从价税：日本９３％的进口商品的关税为从价税。

    （2）从量税：以进口商品的件数、容积、重量等标准征收关税。

    （3）混合税：对同一种进口商品同时征收从价税和从量税。

    （４）特殊形式的关税：包括差额关税、滑准税、季节关税及关税配额。

    （5）特种关税：包括紧急关税和其它特种关税，如报复关税、抵销关税、反倾销关税和对抗关税等。

    ３、缴纳关税

    日本对进日关税的申报规定了两套体制，一是自我估价纳税制度，纳税人应根据进口申报主动自行算出应缴关税并一海关纳税；二是审定纳税制度，由海关将纳税通知书发给纳税人，纳税人按海关通知交付税款。

    （1）交付关税的期限。进口申报人原则上必须在海关放行货物前交纳关税。

    （2）交纳关税的手续。

    ａ、交纳关税人要把税款交到日本银行或指定接收关税的其它银行，海关主管官员也可经授权接收税款。

    ｂ、关税一般以现金交纳，但符合规定条件的担保物品也可接受如支票等。

    c、邮寄品的关税在邮局以印花税支付。

    ｄ、为保证关税的征收，对外国货物应征的关税优先于其它任何官方业务或索赔。

    纳税人有时可申请缓期缴纳关税，交付日期一般可以延长３个月，但纳税人须交纳等额担保。

    五、关税的减免退还制度

    １、关税减免制度

    日本的关税减免制度可分为永久减免和临时减免。适用永久减免的商品范围比较明确，在基本税率表中都已列明。适用临时减免关税的商品范围需根据国内外经济形势和国内生产情况，在每个财政年度修改税率时确定。

    日本的关税减免制度还可分为无条件减免（在货物进口时就免除纳税义务）和有件减免（货物进口后继续负有一定纳税义务）。无条件减免指货物如果属减免税项目即可减免税。有条件减免指根据有关法律法规，确定了适用减免税的各种条件，如对进口商进行限制，对减免税程序、进口用途、进口批件等做出规定。

    日本关税减免主要有以下情况：

    （１）与生活有关的物资实行减免税。如为了稳定市场价格，对大米、小麦等主要粮食，猪肉和食糖暂时减免关税；对食品、服装用品及其它与国民生活密切相关的货物，当进口价格上涨时，为保持国民生活稳定，在形势确属紧急且增加进口不会对国内有关产业造成损害时，对该类商品减免关税。

    （２）对原子能、飞机、宇宙和海洋研究所需物品实行免税。

    （3）对低硫燃料油和生产用原油实行减税。

    （４）对进口用于防止公害的机器设备实行免税。

    （5）对委托国外加工后返销的商品实行减税。为扩大同邻国的贸易日本规定对出料加工１年内返销国内的电冰箱、彩电等２４种商品减征关税。

    2、关税的退还制度

    日本《关税法》对退税制度做出了规定，当具备法律规定的一定条件时对进口货物所征收的关税可全部或部分退还税款缴纳人。现行退税制度主要适用于质量受损的进口货物制造出口货物所需的进口原料以及某些特殊的货物。

    此外，日本海关还采用一种关税偿还制度与退税制度相似所不同的是所退款项不必偿还给纳税人本人而是退给法律指定人。

    六、日本海关的普惠制

    日本于１９７１年开始实施普惠制，自1９８０年起中国开始享受日本的普惠制。

    根据《海关合作理事会商品分类目录》日本实行普惠制的情况如下：１、对农．水产品（除个别类别外）：原则上不提供普惠待遇；２、对工矿产品：基本上都提供普惠待遇；３、对进口工艺品：采取全球最高限定额和国家最大额度的方式进行管理。